Laboratoire de Génomique Fonctionnelle de l'Université de Sherbrooke

Réalisations passées

Des chercheurs de l'UdeS découvrent un nouvel outil pour diagnostiquer le cancer

Résumé du journal «Cancer Research»

Le cancer du sein est la première cause de décès liée au cancer chez les femmes âgées de moins de 50 ans, il est donc impératif d'identifier des marqueurs moléculaires afin d'améliorer le diagnostique et le pronostic de cette maladie. Nous présentons ici une nouvelle approche pour l'identification de marqueurs du cancer du sein qui ne mesure pas le niveau d'expression des gènes mais plutôt le ratio des ARN messagers épissés alternativement. En utilisant un système d'annotation à haut débit basé sur la réverse transcription couplée à l'amplification par PCR, le profil d'épissage de 600 gènes associés au cancer a été caractérisé dans un groupe de 21 tissus tumoraux et 26 tissus normaux de sein. La plupart des changements spécifiques au cancer qui impliquent le réarrangement d'un domaine protéique connu semblent favoriser la fonction de survie et de prolifération cellulaire, venant ainsi appuyer l'importance de l'épissage alternatif dans la pathologie du cancer. Dans un test à l'aveugle, un classement basé sur les 12 meilleurs évènements d'épissage associés au cancer a identifié correctement les tissus tumoraux avec une précision de 96%. De plus, un sous groupe de ces évènements d'épissage a permis de classer les tissus selon leurs grades histopathologiques, 5 marqueurs ont été validés à l'aveugle dans un groupe de 19 tumeurs de grade 1 et 19 tumeurs de grade 3. Ces résultats apportent une alternative simple pour la classification de tissus de sein normaux ou tumoraux et soulignent l'importance de l'épissage alternatif dans la biologie du cancer. [Cancer Res 2008;68(22):9525-31]

Article Complet: Identification of alternative splicing markers for breast cancer


Publication

L'article «Multiple and Specific mRNA Processing Targets for the Major Human hnRNP Proteins» a été publié dans «Molecular Cell Biology».


Octroi

CBCRA Octoi d'opération

Identification of tumor specific messenger RNA splicing patterns as prognostic markers for breast cancer

$736,252

Chercheur principal: Sherif Abou Elela
Université de Sherbrooke, Sherbrooke

Co-Demandeurs:

Claudine Rancourt
Université de Sherbrooke, Sherbrooke

Benoit Chabot
Université de Sherbrooke, Sherbrooke

Jacques Brisson
Université Laval, Québec, Québec


Des chercheurs de l'UdeS découvrent un nouvel outil pour diagnostiquer le cancer

Cancer Research (résumé)

Des efforts intenses sont présentement dirigés dans l'étude de l'expression des gènes dans l'espoir de développer de meilleurs marqueurs et d'identifier de nouvelles cibles potentielles pour des médicaments. Une nouvelle approche pour l'identification des différences cancer-normal est présentée ici, basée sur un système d'annotation des variants d'épissage à haut débit utilisant la réverse transcription couplée à une amplification PCR. Cette méthode nommée LISA (Layered and Integrated System for splicing Annotation) qui comble l'écart entre les études de microarray et les recherches à moins grande échelle faites sur quelques gènes à la fois, a été créée pour évaluer les différences d'épissage de 600 gènes reliés au cancer dans 25 tissus normaux et 21 tissus tumoraux d'ovaires. À partir de plus de 4700 évènements d'épissage étudiés, la plateforme LISA a identifié 48 évènements qui étaient associés significativement aux tissus ovariens tumoraux de type séreux. Dans un test subséquent fait sur 39 tissus cancéreux ovariens de différents diagnostics, notre signature d'épissage pour le cancer ovarien a permit de discriminer avec succès tous les tissus normaux des tumoraux. L'identification à haut débit de variants d'épissage associés au cancer par la plateforme LISA ouvre la voie à l'utilisation du profilage des évènements d'épissage alternatifs pour le diagnostic du cancer. [Cancer Res 2008;68(3):657-63]

Article complet: Multiple alternative splicing markers for ovarian cancer


Mérite Estrien

Pr Sherif Abou Elela a été sélectionné pour la série d'articles «Le mérite estrien» de la Tribune de Sherbrooke

Voir l'article de François Gougeon : Faire rayonner l'infiniment petit


Article sur le LGFUS

Un nouvel article sur le LGFUS et son LIMS a été publié dans Direction Informatique . Voyez un extrait de l'article:

25/07/2007 - Le Laboratoire de génomique fonctionnelle de l'Université de Sherbrooke a opté pour le développement maison en raison de la spécificité des ses besoins et de sa cadence de développement.

Alain Beaulieu

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Publication

L'article «Short RNA Guides Cleavage by Eukaryotic RNase III» vient d'être publié dans PLoS ONE par Bruno Lamontagne et Sherif Abou Elela.


Publication

L'article «Intronic Binding Sites for hnRNP A/B and hnRNP F/H Proteins Stimulate Pre-mRNA Splicing» a été ajouté à la liste de publications.


Publication

L'article «Modern origin of numerous alternatively spliced human introns from tandem arrays» vient d'être publié dans PNAS par Degen Zhuo, Richard Madden, Benoit Chabot et Sherif Abou Elela; Cet article relate l'origine évolutionnaire des introns chez les humains.


Article sur la Plateforme RNomique

Liaison, le journal de l'Université de Sherbrooke, a publié un article sur la plateforme RNomique:

«Les chercheurs et chercheures de l'UdeS sont désormais mieux outillés pour étudier la formation des cellules cancéreuses grâce à l'implantation de la Plateforme de RNomique Génome Québec et Université de Sherbrooke. Les deux organismes injectent 2,2 M$ dans ce projet qui s'intégrera aux activités de recherche de la Faculté de médecine et des sciences de la santé. Cette initiative d'envergure internationale a été annoncée lors de l'inauguration du nouveau Laboratoire de génomique fonctionnelle le 3 novembre, en présence du premier ministre Jean Charest...»

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